Zoinks! Deux ans après qu'un conflit d'ego ait forcé Mystery Inc. à fermer ses portes, Scooby-Doo et ses adroits acolytes résolveurs de crimes Fred (FREDDIE PRINZE JR.), Daphné (SARAH MICHELLE GELLAR), Shaggy (MATTHEW LILLARD) et Velma (LINDA CARDELLINI) sont convoqués individuellement à Spooky Island pour enquêter sur une série d'incidents paranormaux survenus dans le hot spot ultra branché de Spring Break. Craignant que son complexe hôtelier terriblement populaire ne soit réellement hanté, le propriétaire de Spooky Island, Emile Mondavarious (ROWAN ATKINSON), tente de réunir ces détectives notoirement intrusifs pour résoudre le mystère avant que son secret surnaturel n'effraie les foules universitaires. Scooby et la bande devront surmonter leurs différences personnelles et oublier tout ce qu'ils pensent savoir sur les fausses goules et les fausses créatures pour résoudre l'affaire, se sauver et peut-être... sauver le monde ! Ruh-roh !